液流系統
液流問題在流式細胞術發展史上占有很重要的地位。從本世紀30年代到50年代，流式細胞術發展遲緩的一個重要原因就是細胞懸液過毛細管或小孔時的阻塞問題得不到解決，直到引入層流鞘液的方法后，不但使液流更加穩定，約束細胞在液柱中間；而且較徹底地解決了阻塞問題。
穩流與雷諾數
常識告訴我們，當液體流動時，有時是穩定的流動，有時會產生漩渦。流體力學稱前者為穩流或片流，后者為端流，但區別二者的根據是什么呢？
上個世紀，雷諾發現了一個以他的名字命名的數—雷諾數，其定義如下：在一個直徑為d的管子內，流動液體的平均速度是V，如果液體的密度為P，粘滯系數為n，則雷諾數R。
當R=2300時就是前面我們討論的穩流與端流的分界點，當R<2300時是穩流，當R>2300時是端流。顯然，在流式細胞計中我們希望都保持穩流。如果噴孔直徑是100um，水的密度為1g/cm3，水在20℃時的粘滯系數是0.010泊，可計算出B=23米/秒。這是流式細胞計噴孔噴射速度的極限，其實當噴射速度過快時還有另一問題，比如其中a是速度較慢時的正常狀態，液體與噴孔有浸潤現象，這樣的液柱是穩定的，當速度過大時，從噴孔截面就形成液柱，這樣的液柱在空間的位置是不穩定。盡管它也是穩流，雷諾數尚不到2300.這樣的分界點的液流速度與液體及噴孔材料濕潤情況有關，考慮到各種因素，常限制噴射速度在10米/秒以下。
噴嘴
實際噴嘴結構，中間是含有細胞懸液的樣品，樣品外面包圍著鞘液從噴嘴中噴出，由于噴射速度較高磨損嚴重，故噴孔大多用耐磨的鐘表寶石制成。測量區在噴孔外面很近處的空氣中。
這樣的設計還有一個有點，就是液流的聚焦作用。如果流體從一個截面為A1的粗管流入一個截面為A2的細管，按流體力學的Bernoulli定律：A1V1=A2V2式中V1，V2分別是流體在粗管中的平均流動速度和在細管中的平均流動速度。為了保持界面處仍然是穩定的流動，兩管接口處常做的“光滑”一些，如實線所示。顯然細管中的V2大于粗管中的V1。當接口處的幾何形狀是如虛線的“突變”時，液流進入細管后并不是形成全部平行于細管壁的穩流，而是在細管入口處有一段“收縮”的區域，如細管中的虛線所示。在虛線與管壁之間的流體是靜止不動的。只有兩條虛線間的液體是流動的，這樣就產生了“自聚焦”現象。顯然。當我們把測量區定在這個最狹窄處，可提高儀器的CV值，這個位置不同的噴嘴是不相同的，對噴向空氣中的噴嘴大約在距噴口0.25mm的地方。
為了不同的目的，人們設計了各種形狀的噴嘴，如在精子分析中，為滿足流體動力學的要求而作成鴨嘴狀等等。
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